《办法》规定，可再生能源发展专项资金实行专款专用，专项管理。资金由财政部会同有关部门管理。《办法》明确各部门主要职责。财政部会同相关部门制订可再生能源发展专项资金管理制度以及相关配套文件; 负责可再生能源发展专项资金预算编制和下达; 监督检查资金使用情况，组织开展绩效评价。 国务院按照有关法律规定，制订可再生能源和新能源相关行业工作方案; 会同财政部门组织实施可再生能源和新能源开发利用工作; 负责监督检查可再生能源和新能源开发利用工作执行及完成情况。地方财政和相关主管部门落实地方扶持政策措施及应承担的专项资金，制定具体操作规程; 组织可再生能源发展专项资金申报，核实并提供相关材料;按规定管理可再生能源发展专项资金，对相关工作实施、任务完成以及资金使用情况进行监督检查。
同时，《办法》规划了可再生能源发展专项资金重点支持范围，重点关键技术示范推广和产业化示范; 规模化开发利用及能力建设;可再生能源和新能源公共平台建设; 可再生能源、新能源等综合应用示范。
